Monseigneur Jean Laffitte est né à Oloron-Sainte-Marie le 5 mai 1952. Il est le dernier d’une famille de 12 enfants. 

Après ses études secondaires, il obtient en 1973 un diplôme de Sciences politiques à l’Université de Toulouse. Il poursuit ses études  dans différentes universités européennes, où il apprend plusieurs langues : allemand, italien, anglais et espagnol.
Il est ensuite cadre bancaire à Francfort.

En 1984, il entre au Séminaire pontifical français à Rome et commence à cheminer avec la Communauté de l’Emmanuel. Il obtient le Baccalauréat en théologie et philosophie en 1988.
Le 2 juillet 1989, il est ordonné prêtre pour le diocèse d’Autun, Chalon, Macon.

De 1990 à 1994, il est Supérieur des chapelains et Directeur du pèlerinage de Paray-le-Monial. En même temps, il prépare un doctorat en théologie morale à l’Institut Pontifical Jean Paul II pour les études sur le mariage et la famille. Il soutient sa thèse, « Le pardon transfiguré », en 1994. Il enseigne dans ce même institut, dont il est Vice-président de 1999 à 2001.
Depuis 2003, il est consulteur à la Congrégation pour la doctrine de la foi.
En 2005, il est nommé Sous-secrétaire du Conseil pontifical pour la famille.
Puis en 2006, il est Vice-Président de l’Académie pontificale pour la vie.